Удобная утилита, позволяющая изменять иконки у папок одним кликом в контекстном меню:

Скачать Folder Marker (Windows, 0.9MB, Freeware)

Update: обнаружил странный побочный эффект на некоторых компьютерах - папки с измененной иконкой исчезают из альтернативных файловых менеджеров (напр. Total Commander или FAR), хотя при помощи команды cd в них можно попасть, и в Windows Explorer их видно. Будьте осторожны!

Update 2: проблема была в том, что папкам присваивается атрибут System, а FAR с настройками по-умолчанию не показывает системные файлы. Решить проблему можно, включив отображение системных файлов (Options - Panel Settings - Show hidden and system files) или сняв этот атрибут с папок вручную (CTRL-A, ALT-S, Enter) или введя команду attrib -S /S /D С: (снимает System со всех файлов и папок на диске C).